Международная группа ученых под руководством Павла Певзнера, руководителя лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, профессора Калифорнийского университета в Сан-Диего (UCSD) и одного из ведущих специалистов в области биоинформатики, создала новый вычислительный метод для поиска циклопептидов — фармакологически важного класса веществ, включающего в себя много известных антибиотиков, противоопухолевых соединений и иммунодепрессантов. Помимо Павла Певзнера в работе участвовали молодые ученые СПбГУ Андрей Пржибельский и Алексей Гуревич.
«Циклические и разветвленные циклические пептиды (циклопептиды) представляют собой класс биологически активных натуральных продуктов, которые включают в себя множество антибиотиков и противоопухолевых соединений. Несмотря на недавние успехи в анализе метаболомики, все еще мало известно о циклопептидах в кишечнике человека и их возможных взаимодействиях из-за отсутствия вычислительных каналов анализа, применимых к таким соединениям. Мы разработали CycloNovo, алгоритм для автоматизации анализа de novo тандемных масс-спектров и секвенирование циклопептидов с использованием графов де Брюина, для идентификации циклопептидов в наборах спектральных данных. CycloNovo реконструировал 32 ранее не сообщенных циклопептида в кишечнике человека и сообщил о более чем сотне циклопептидов в других средах, представленных различными спектрами в Глобальной социальной сети по натуральным продуктам (GNPS)», — говориться в статье, опубликованной в Cell Systems.
Первые применения технологии уже дали результаты — найдены циклопептиды из пищи и кишечника человека, которые выжили в желудочно-кишечном тракте человека.
Проект был финансово поддержан грантами Российского научного фонда, UCSD, национальных институтов здравоохранения США, Австралийского совета по исследованиям и Правительства Австралии.
