Инкубационный период в среднем 6-7 дней, минимальный -12 ч, максимальный -до 20 дней. Начало болезни обычно острое, внезапное. У части больных имеется продромальный период (продолжительностью от 1 до 5 дней), протекающий в форме назофарингита. Для клинической практики удобна классификация менингококковой инфекции, предложенная В.И. Покровским и сотр.: 1. Первично-локализованные формы: а) менингококковое носительство; б) острый назофарингит; в) пневмония. 2. Гематогенно-генерализованные формы: а) менингококкцемия -типичная, молниеносная (острый менингококковый сепсис), хроническая; б) менингит; в) менингоэнцефалит; г) смешанная (менингококкцемия + менингит), д) редкие формы: эндокардит, артрит (полиартрит, синовит), иридоциклит.
По течению менингококковая инфекция может быть легкой, средней тяжести, тяжелой, очень тяжелой, молниеносной. Носительство менингококка не имеет клинических проявлений. У бактерионосителей на присутствие в ротоглотке и носоглотке менингококка возникает иммунный ответ. При остром назофарингите задняя стенка глотки резко гиперемирована, отечна, с множественными лимфоидными фолликулами.