Возможность управления эпидемическим процессом определяется построением и реализацией двух эффективных эпидемиологических подсистем — надзора и контроля. Являясь первой ступенью системы управления эпидемическим процессом, надзор призван обеспечить эпидемиологическую диагностику и на этой основе разработать «управляющие решения», т. е. научно обоснованные тактические и стратегические рекомендации. Первые направлены на оперативную профилактику и борьбу с инфекционными болезнями, вторые- на обеспечение заданного уровня основных показателей эпидемического процесса. Второй ступенью системы управления эпидемическим процессом является контроль, конечная цель которого состоит в поддержании на заданном уровне основных показателей эпидемического процесса с помощью реализации комплекса тактических и стратегических мероприятий, разработанных в ходе эпидемиологического надзора. Управление эпидемическим процессом немыслимо без научных исследований, направленных на его глубокое изучение.
Важнейшим средством (способом) осуществления эффективной системы управления в полном объеме (надзор, контроль, исследования) является эпидемиологический анализ. Проведение эпидемиологического анализа в исследовательских целях предшествует эпидемиологическому контролю. Углубление теоретических знаний об эпидемическом процессе на современном уровне предполагает использование всех видов эпидемиологического анализа: конструктивного, социально-экономического анализа, моделирования и планируемого эпидемиологического эксперимента. Следует подчеркнуть, что успех в изучении эпидемического процесса будет тем выраженнее, чем строже будут соблюдаться условия системного подхода. Наиболее эффективно применяются ретроспективный и проспективный подходы, в задачи которых входят: установление закономерностей эпидемического процесса на анализируемом этапе его развития; выявление причинно-следственных связей; отработка адекватных методов эпидемиологического анализа. Методы эпидемиологического анализа охватывают все известные подходы, способные обеспечить объективную характеристику уровней, структуры инфекционной заболеваемости (смертности) в динамике, по отдельным возрастным, социальным группам, территориям, причин и условий, определяющих установленные оценки, а также социально-экономической значимости болезней. Рассматриваемый как важнейшая составная часть эпидемиологического надзора эпидемиологический анализ реализуется в двух временных категориях — ретроспективно и оперативно. Основной задачей ретроспективного эпидемиологического анализа является оценка состояния и тенденций развития эпидемического процесса, призванная обеспечить выявление территорий риска, групп риска, времени риска и факторов риска. Оперативный (текущий) эпидемиологический анализ проводится вслед за ретроспективным и служит для выявления предвестников эпидемий еще до возникновения массовых заболеваний. Последовательное проведение ретроспективного и оперативного эпидемиологического анализа может и должно обеспечить постановку эпидемиологического диагноза и принятие обоснованного стратегического и тактического решения.