Каждый уровень системы эпидемического процесса функционирует как целостное образование по отношению к нижестоящим уровням и как часть (подсистема) — по отношению к вышестоящим. Все уровни связаны между собой по «телескопическому» принципу, т. е. каждый из них включен в вышестоящую систему.
Все они в составе единой системы эпидемического процесса взаимосвязаны. Эпидемический процесс представляет собой сложно организованную систему, состоящую из большого числа подсистем и их элементов и осуществляющую разнообразные взаимодействия. Различные качественные и количественные трансформации эпидемического процесса во времени и пространстве вызываются взаимными изменениями как многих составляющих его подсистем и их элементов, так и связей между ними.