На месте укуса зараженного москита через несколько дней (или недель) появляется небольшая папула или язвочка, где происходит размножение лейшмании. Образуется кожное поражение -гистиоцитома, которая при доброкачественном течении кожного лейшманиоза остается локальной. Благодаря защитной лимфоцитарной реакции лейшмании гибнут и наступает самоизлечение. При отсутствии иммунологической защиты наступает некроз базального слоя кожи и происходит распространение гистиоцитомы в кожных покровах или проникновение лейшмании во внутренние органы. Лимфогенно возбудитель заносится в регионарные лимфатические узлы. Кожно-слизистый лейшманиоз протекает с поражением слизистых оболочек носа, гортани и ее хрящевой ткани. При висцеральном лейшманиозе паразиты гематогенно распространяются по всему организму.
Размножаясь в клетках системы мононуклеарных фагоцитов, они фиксируются в органах ретикулогистиоцитарной системы: костном мозге, лимфоузлах, печени, селезенке, кишечнике и других внутренних органах, где развиваются некротические и дегенеративные процессы, наблюдаются скопления лейшмании, пролиферация и разрастание соединительной ткани. Вследствие этого увеличиваются размеры паренхиматозных органов (селезенки, печени). При поражении гепатоцитов снижается выработка протромбина; поражение кроветворных органов приводит к прогрессирующей анемии, лейкопении и тромбоцитопении. Сочетание последней со снижением протромбина обусловливает тяжелые кровотечения. При изъязвлениях слизистой тонкой кишки и развитии вторичного энтерита появляется диарея. Висцеральный лейшманиоз нередко осложняется присоединением интеркуррентных инфекций — дизентерии, туберкулеза, пневмонии, что часто приводит к летальному исходу. В свою очередь, висцеральный лейшманиоз является одной из тяжелых форм оппортунистических болезней, возникающих при ВИЧ-инфекции. У ВИЧ-инфицированных висцеральный лейшманиоз приобретает злокачественное течение. Учитывая то, что многие из ВИЧ-инфицированных являются наркоманами, создается реальная угроза передачи висцерального лейшманиоза при инъекциях наркотиков. При неосложненном висцеральном лейшманиозе развивается стойкий иммунитет. При кожном лейшманиозе возможны повторные заболевания.