Гемофильная палочка присутствует в верхних дыхательных путях малышей и взрослых, но в редких вариантах вызывает заболевания. Штамм, который, как правило, является болезнетворным, — палочка Афанасьева — Пфейффера (Hemophilus influenzae).
Она может вызывать менингит (воспаление оболочек головного и спинного мозга), бактериемию, септический артрит (воспаление сустава), пневмонию, бронхит, средний отит (воспаление среднего уха), конъюнктивит (воспаление конъюнктивы глаза), синусит и острый эпиглоттит (воспаление надгортанника). Эти заболевания более всего распространены у детей, но время от времени они возникают и у взрослых.
Остальные гемофильные палочки могут вызывать инфекции дыхательных путей, внутренней оболочки сердца (эндокардит) и абсцессы мозга. Палочка Дюкре (Hemophilus ducreyi) вызывает шанкроид — заболевание, передаваемую половым путем.