Собственно геморрагические лихорадки следует дифференцировать от ряда инфекционных болезней, при которых геморрагический синдром лишь одна из составляющих клинической картины. В начальной стадии заболевания до развития геморрагических симптомов в их течении много сходства с наиболее известными тяжелыми формами гриппа. В первые 1-3 дня как при гриппе, так и при ГЛ больных беспокоят высокая лихорадка, головная боль, появляются инъекция склер, гиперемия лица и слизистых оболочек; в крови лейкопения. Однако при геморрагической лихорадке более выражены симптомы поражения ЦНС: заторможенность, сонливость.
Редко развиваются или вообще отсутствуют катаральные явления, слезотечение, слизистые выделения из носа, кашель. Напротив, часты диарея и рвота, не типичные для гриппа. Уже в этом периоде, например, больные с ГЛСПС отмечают боль в пояснице, появляется резко положительный симптом Пастернацкого. Весьма характерна сезонность этих заболеваний, различная для геморрагической лихорадки и гриппа. Обычно начальный период геморрагической лихорадки, регистрируемых, как правило, в теплое время года, трактуется ошибочно как «летний грипп». Сходство гриппа и других геморрагической лихорадки с лептоспирозом, особенно с безжелтушным, заключается в остром начале болезни, появлении головной боли, высокой температуры тела. Однако при лептоспирозе, также как и при ГЛ, появляются геморрагическая и розеолезная или макулопапулезная сыпь, инъекция склер, изменения в моче (альбуминурия, цилиндрурия). Гриппа с сыпью не существует, за исключением лекарственной (легко отличимой на основе данных аллергоанамнеза).