При хорошей сопротивляемости организма цисты и просветные формы могут долго находиться в кишечнике, не вызывая заболевания. При неблагоприятных условиях (жаркий климат, плохое безбелковое питание, дисбактериоз) амебы с помощью собственных цитолизинов и протеолитических ферментов вызывают цитолиз эпителия толстой кишки с образованием язв и некроз тканей. При кишечном амебиазе патологический процесс развивается в нисходящем направлении; последовательно локализуясь в слепой, восходящей, ободочной, сигмовидной и прямой кишке. В типичных случаях слизистая гиперемирована, отечна, на ней образуются мелкие узелки с желтой точкой на вершине, мелкие эрозии.
В узелках содержатся детрит и вегетативные формы гистолитической амебы. В результате коагуляционного или сухого некроза узелки разрушаются и образуются язвы от нескольких миллиметров до 2-2,5 см в диаметре. В глубоких язвах, достигающих подслизистого слоя, дно покрыто гноем. В толще язв при биопсии обнаруживают дизентерийные амебы с заглоченными эритроцитами. Углубление язв может вызвать кровотечение и перфорацию кишки. При хроническом амебиазе образуются кисты, полипы и амебомы (образования, состоящие из грануляционной ткани, фибробластов и эозинофильных лейкоцитов). Внекишечный амебиаз возникает при гематогенной диссеминации амеб. По воротной вене они попадают в печень, где развиваются разной степени поражения от проявляющегося белковой и жировой дистрофией гепатита до абсцесса печени, локализующегося чаще всего под куполом диафрагмы. При отсутствии лечения абсцесс печени (содержимое его напоминает шоколадного цвета гной) прорывается в плевральную полость и легкие, реже в средостение, перикард, брюшную полость. Амебы могут метастазировать в мозг, кожу и другие органы. Имеются наблюдения, указывающие на увеличение частоты кишечного амебиаза у ВИЧ-инфицированных. Согласно рекомендациям комитета экспертов ВОЗ, предлагается различать 3 основные клинические формы амебиаза: кишечную, внекишечную и кожную, которые наблюдаются у 10% от числа всех носителей цист дизентерийной амебы. Амебный колит встречается гораздо чаще, чем внекишечные формы амебиаза.