Вирус японского энцефалита был выделен также и советскими учеными в период комплексных экспедиций — А.К. Шубладзе (1940 г.), А.А. Смородинцев и Д.В. Неустроев (1941 г.). Возбудитель — РНК-геномный вирус, гексагональной формы, размером 20-30 нм, относится к группе арбовирусов. Малоустойчив к действию повышенной температуры (погибает при 56°С в течение 30 мин) и дезсредствам, но хорошо переносит замораживание (А.Н. Шаповал).
К заражению им чувствительны белые мыши, хомяки, обезьяны и другие животные. Вирус проникает в организм человека при укусе комара. Генерализация происходит гематогенно, проникновение вируса в ЦНС возможно и эндоневрально. Основу патоморфологических нарушений составляют поражения сосудистой системы (по типу генерализованного капилляротоксикоза) вещества головного мозга и других образований (оболочки мозга, симпатические ганглии, сердце, легкие, почки и другие органы). При внешнем осмотре умерших часто отмечают легкую желтушность кожных покровов, петехиальную сыпь и, как правило, выраженное трупное окоченение. Обнаруживают полнокровие внутренних органов, кровоизлияния в слизистые и серозные оболочки, чаще они локализуются в эпикарде, желудочно-кишечном тракте; находят тяжелые дистрофические изменения паренхиматозных органов. Обнаруживают массивные кровоизлияния вплоть до размягчения в области подкорковых узлов с очагами некроза. Сходные изменения, но менее интенсивные обнаруживают и в спинном мозге. Значительно поражены лобные доли головного мозга. Изменения воспалительного характера находят в ганглиях и периферических нервах.
